1、适用对象不同
诉讼时效适用于债券请求权(权利人在法定期间内怠于履行请求权，在期间完成后，其请求法院保护其民事权利的权利归于消灭的制度，但这个民事权利不归于消灭)，一旦债务人主张诉讼时效抗辩，那么法院就要判决驳回原告的诉讼请求。
除斥期间一般适用于形成权(追加权、解除权、撤销权等)，典型为撤销权，一旦过期，权利就消灭了，如合同撤销权为一年，超过一年就没有合同撤销权，成为不可撤销的合同。
2、可以援用的主体不同
诉讼时效必须由当事人主张后，人民法院才能审查，人民法院不能主动援助；除斥期间无论当事人是否主张，人民法院均可以主动审查。
3、法律效力不同
诉讼时效届满只是导致胜诉权的消灭，实体权力不消灭；除斥期间届满，实体权利消灭。
4、期间性质不同
诉讼时效是可变期间，可以因主客观因素中止、中断或延长；除斥期间是不变期间，不适用时效中断、中止或延长的规定。